Uluslararasılaşma yolunda önemli adımların atıldığı bu dönemde Üniversitemizde, 2004 yılında Yabancı Diller Yüksekokulu, 2005 yılında da Afyonkarahisar’da Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu kurulmuştur.
2006 yılında Üniversitemizin Uşak’ta bulunan 4 fakültesi, 1 yüksekokulu ve 6 meslek yüksekokulu (MYO) yeni kurulan Uşak Üniversitesi’ne devredilmiş ve söz konusu akademik birimler Üniversitemiz bünyesinden ayrılmıştır.
Aynı yıl Sinanpaşa ilçesindeki Sincanlı MYO’nun adı Sinanpaşa MYO olarak değiştirilmiş ve Bayat ilçesinde Bayat MYO kurulmuştur.
Bu süre içinde 27 doktora, 86 yüksek lisans, 75 lisans ve 135 önlisans programında eğitim-öğretim faaliyeti gerçekleştirilmiştir.
2003-2006 yılları arasında; 2003 yılında 6.290, 2004 yılında 4.705, 2005 yılında 5.081, 2006 yılında 6.540 olmak üzere toplam 22.616 öğrenci, Üniversitemizden mezun olmuştur.